ระหว่างการล้อมจับของกองกำลังรัสเซียในเมืองตอลสตอยยุร์ต (Tolstoi Yurt) ของเชชเนีย หลายฝ่ายมองว่า เป็นการสิ้นสุดกระบวนการเจรจาเพื่อสันติภาพระหว่างเชชเนียกับรัสเซีย เนื่องจากนายมาสคาดอฟ ซึ่งเป็นผู้นำกลุ่มกบฏเชชเนียสายกลาง กำลังต้องการเจรจาสันติภาพกับรัสเซีย โดยเป็นฝ่ายเสนอการหยุดยิงฝ่ายเดียวในเชชเนีย ขณะที่รัสเซียกลับมองว่า เป็นการสิ้นสุดผู้นำสูงสุดของกลุ่มกบฏเชชเนียสายกลาง ซึ่งจะทำให้ไม่มีตัวเชื่อมโยงทางการเมือง รวมถึงการขอรับการสนับสนุนด้านอาวุธและการเงินจากต่างประเทศ การสังหารนายชามิล บาซาเยฟ ผู้นำกลุ่มกบฏเชชเนียสายหัวรุนแรง เมื่อ 10 กรกฎาคม 2549 ถือเป็นชัยชนะครั้งสำคัญของประธานาธิบดีปูตินที่ดำเนินนโยบายแข็งกร้าวในการแก้ไขปัญหาเชชเนียมาตลอด ซึ่งไม่เพียงส่งผลให้การแพร่กระแสเรียกร้องเอกราชไปยังดินแดนอื่น ๆ ของรัสเซียต้องหยุดชะงักลงบ้าง แม้จะไม่สามารถหยุดยั้งกระบวนการเรียกร้องเอกราชให้แก่เชชเนียได้ เพราะยังคงมีผู้นำกบฏคนใหม่ก้าวขึ้นมาแทนที่ แต่ยังจะช่วยให้การบริหารดินแดนเชชเนียโดยคณะบริหารที่รัฐบาลรัสเซียสนับสนุนอยู่เข้มแข็งขึ้น ปัจจุบันรัฐบาลรัสเซียได้ส่งกองกำลังและเจ้าหน้าที่เข้าไปประจำการอยู่ในเชชเนียประมาณ 40,000 นาย โดยไปจากกระทรวงกลาโหม หน่วยความมั่นคงกลาง (FSB) และกองกำลังของกระทรวงมหาดไทยเป็นหลัก

ทั้งนี้ นายบาซาเยฟเป็นผู้นำกลุ่มกบฏเชชเนียที่ทางการรัสเซียต้องการตัวมากที่สุด และเป็นผู้อยู่เบื้องหลังเหตุการณ์ความรุนแรงหลายครั้ง ไม่ว่าจะเป็นการจับตัวประกันในโรงละครใจกลางกรุงมอสโก การก่อวินาศกรรมเครื่องบินโดยสารของรัสเซีย การลอบวางระเบิดสถานีรถไฟใต้ดินในกรุงมอสโก รวมถึงเหตุการณ์ครั้งรุนแรงที่สุด คือ การจับนักเรียนและครูเป็นตัวประกันที่โรงเรียนในเมืองเบสลันในปี พ.ศ. 2547 ทำให้มีผู้เสียชีวิตถึง 335 คน ซึ่งส่วนใหญ่เป็นเด็ก และก่อนที่นายบาซาเยฟจะถูกสังหารนั้น หน่วย FSB สืบทราบว่า นายบาซาเยฟมีแผนที่จะก่อการร้ายครั้งใหญ่ในช่วงที่รัสเซียจะเป็นเจ้าภาพจัดการประชุมผู้นำประเทศอุตสาหกรรมชั้นนำของโลก (G-8) ที่เมืองเซนต์ปีเตอร์สเบิร์ก ในระหว่าง 15-17กรกฎาคม 2549 ด้วย

การแก้ไขปัญหาเชชเนียของรัสเซียถูกประณามจากชาติตะวันตกว่า ละเมิดสิทธิมนุษยชนอย่างร้ายแรง เนื่องจากใช้วิธีการกวาดล้างแบบราบคาบ ไม่เลือกเฉพาะพื้นที่ตั้งของฝ่ายกบฏ โดยเน้นการโจมตีทางอากาศเป็นหลัก แม้กระนั้น การก่อการร้ายในรัสเซียยังคงเกิดขึ้นและขยายตัวทั้งในแง่ของพื้นที่ปฏิบัติการและความรุนแรง ทำให้ประธานาธิบดีปูตินดำเนินนโยบายที่แข็งกร้าวมากขึ้น โดยประกาศจะใช้นโยบายชิงโจมตีก่อนต่อผู้ก่อการร้าย ด้านสภาดูมาได้เสนอร่างกฎหมายเพิ่มเติมเกี่ยวกับมาตรการต่อต้านการก่อการร้ายเพื่อสนับสนุนนโยบายดังกล่าว โดยอนุญาตให้เจ้าหน้าที่รัฐใช้มาตรการฉุกเฉินในการสืบสวน แม้จะยังไม่มีการยืนยันว่า กำลังจะมีการก่อการร้ายก็ตาม ซึ่งมาตรการดังกล่าวครอบคลุมการดักฟังโทรศัพท์ การตรวจสอบไปรษณีย์อิเล็กทรอนิกส์และเอกสาร การจำกัดการจราจรและการเดินทาง รวมถึงการจำกัดเสรีภาพของสื่อมวลชนในการเสนอข่าวในพื้นที่ปฏิบัติการต่อต้านการก่อการร้าย